• Spatial extent (hectare or km²) of water related ecosystem is maintained or enhanced.
• Quality of water and water related ecosystems is monitored, maintained, and improved

• Proportion of population having access to sufficient, safely managed and affordable drinking water services is increased

• A collaboration mechanism for public, community and multi-stakeholder participation in water resources development, management and decision making that addresses inequalities is established.

Tantangan pengelolaan DAS Mahakam sangat dipengaruhi oleh kondisi ekonomi, sosial, fisik dan manajemen. Konsep pengelolaan DAS masih perlu dikembangkan secara multisisiplin, multisektor dan multistakeholder. Fokus kajian DAS Mahakam dikaitkan dengan kompleksitas permasalahan lahan dan hidrologi akiat adanya perubahan tutupan kawasan hutan menjadi kawasan pembangunan seperti perkebunanan, pertambangan serta tutupan hutan lainnya yang mengancam keanekaragaman hayati dan satwa yang dilindungi. Penyusunan kajian pengelolaan DAS dan ekosistem air tawar dilakukan dengan serangkaian analisis menggunakan DPSIR, metode kualitatif yang digunakan untuk memberikan informasi berbagai karakteristik lingkungan yang terdiri dari abiotik, biotik, dan budaya (Drivers), berbagai pola pemanfaatan lahan (Pressures), jasa-jasa lingkungan yang dimanfaatkan (States), berbagai bentuk dampak (Impacts), dan respon berbagai pemangku kepentingan terhadap dinamika lingkungan (Responses). Metode kuantitatif (permodelan menggunakan powersim, InVEST serta pendekatan sistem informasi geografis) terhadap permasalahan DAS Mahakam. Permsalahan utama yang dikaji adalah pengendalian erosi dan sendimentasi serta tata kelola air dan ekosistem air tawar. 
 
Berdarkan hasil analisis DPSIR terhadap permasalaha erosi dan sendimentasi, DAS Mahakam disominasi oleh kelas sangat prioritas dipulihkan (51%) pada kondisi aktual. Kelas sangat prioritas dipulihkan tersebar di 25 sub DAS, diantaranya pada sebagian besar kota Samarinda dan Kutai Kartanegara serta Kabupaten Mahakam Hulu, bgitu juga hasil dari proyeksi (tahun 2045), terjadi peningkatan kelas prioritas pada sebagian kecil sub DAS (12 sub-DAS) dengan sub DAS di Kecamatan Longbagun, Kabupaten Mahakam Hulu mengalami peningkatan paling signifikan dari kelas dipertahankan menjadi sangat prioritas dipulihkan. 

Perlu penguatan pada ranah kebijakan sesuai dengan Pergub. No 2 tahun 2018 dan turunannya agar pengelolaan DAS Mahakam dapat saling berkesinambungan; penerapan kebijakan pengelolaan DAS dan ekosistem air tawar diprioritaskan pada sub DAS kelas yang sangat prioritas dipulihkan, fungsi pengaturan sesuai dengan perencanaan pengelolaan DAS disasarkan pada hasil kajian agar memberikan manfaat yang berkelanjutan dan perlu dilakukan evaluasi dan monitoring untuk menunjukan tanggung jawab terhadap komitmen implementasi pengelolaan DAS Mahakam.

Permasalahan tata kelola air dan ekosistem air tawar dianalisis menggunakan sub DAS prioritas terhadap pengendalian sumber limpasan, kebutuhan air dan perlindungan habitat aquatik. Kelas sangat prioritas dipulihkan pada prioritas pengendalian sumber limpasan aktual tersebar 21 sub DAS di Kabupaten Mahakam Hulu. Sejumlah 6 sub DAS di wilayah hulu dan tengah DAS mengalami peningkatan kelas menjadi sangat prioritas dipulihkan berdasarkan hasil proyeksi. Demikian pula sejumal 8 sub DAS di Kabupaten Mahakam Hulu teridentifikasi sebagai kelas sangat prioritas dipulihkan pada prioritas kebutuhan air, namun diproyeksikan mengalami penurunan kelas. Perlindungan habitat akuatik seperti Buaya Badas Hitam, Burung Ibis dan Pesut, wilayah yang sangat dipulihkan tersebar di sebagian wilayah Kabupaten Kutai Kartanegara dan Kutai Timur serta seagian Kabupaten Mahakam Hulu.